Metabolizm RNA u Eukariota

Kierownik

prof. dr hab. Joanna Kufel

Zespół

Doktoranci

  • mgr Agnieszka Czarnocka-Cieciura
  • mgr Sebastian Jeleń
  • mgr Aleksandra Kwaśnik
  • mgr Anna Miścicka
  • mgr Monika Stępien
  • mgr Aleksandra Sulkowska
  • mgr Sylwia Szczepaniak
  • mgr Lounis Zenadi

Magistranci

  • Aleksandra Głowacka
  • Katarzyna Grabowska
  • Alicja Smoleń

Pracownicy techniczni

  • Aleksandra Śliwa

Tematyka badań

Zajmujemy się mechanizmami dojrzewania i obróbki małych jądrowych RNA (snRNA). Badania na tym polu prowadziliśmy między innymi na drożdżach Saccharomyces cerevisiae, gdzie zajmowaliśmy się obróbką 3'-końca snRNA; głównie udziałem kofaktorów Lhp1p oraz Lsm w kompleksie egzosomu oraz białka Rex1-4p. Obecnie nasze badania skupiają się na oddziaływaniach między białkami zaangażowanymi w obróbkę 3'-końca małych jądrowych RNA, budowę i degradację rybonukleoprotein (RNPs) oraz na regulacji tych procesów. Pragniemy także przeanalizować te procesy u innych organizmów eukariotycznych, takich jak Arabidopsis thaliana.

Strona grupy

Wsparcie badań

zagraniczne

  • 2003-2008 Wellcome Trust Grant 067504/Z/02/Z (140-501/62/F-205) - główny wykonawca
  • 2006-2009 RIBOSYS FP6, EU, konsorcjum
  • 2011-2016 Polsko-Szwajcarski Program Badawczy - główny wykonawca


krajowe

  • 2009-2013 Fundacja na rzecz Nauki Polskiej TEAM
  • MNiSZ, NCN, główny wykonawca, projekty w latach 2008-2011, 2009-2012, 2011-2013, 2011-2014, 2013-2016, 2015-2018

Współpraca

  • Dr Anita Marchfelder, University of Ulm, Niemcy
  • Prof. Artur Jarmołowski, Uniwersytet Adama Mickiewicza, Poznań
  • Prof. David Tollervey, University of Edinburgh, UK
  • Prof. Pamela Green, Delaware Institute of Biotechnology, USA
  • Prof. Jean Beggs, University of Edinburgh, UK
  • Dr Eduard Bertrand, CNRS, Universite Montpellier, Francja
  • Dr Dominique Gagliardi, CNRS, Strasbourg, Francja
  • Dr Heike Lange, CNRS, Strasbourg, Francja
  • Prof.  Brendan Davies, University of Leeds, UK
  • Dr Sander Granemman, University of Edinburgh, UK
  • Dr Daniel Silhavy, Agricultural Biotechnology Institute, Węgry
  • Prof. Andrzej Dziembowski, IBB PAN, Warszawa
  • Dr. Jacek Jemielity, Uniwersytet Warszawski, CENT, Warszawa
  • Prof. Edward Darżynkiewicz, Uniwersytet Warszawski, CENT, Warszawa

Wybrane publikacje

  • Sikorski PJ, Zuber H, Philippe L, Sement FM, Canaday J, Kufel J, Gagliardi D, Lange H. 2015. Distinct 18S rRNA precursors are targets of the exosome complex, the exoribonuclease RRP6L2 and the terminal nucleotidyl-transferase TRL in Arabidopsis thaliana. Plant J. 83: 991-1004
  • Skowronek E, Grzechnik P, Späth B, Marchfelder A, Kufel J. 2014. tRNA 3' processing in yeast involves tRNase Z, Rex1, and Rrp6. RNA. 2014 20(1): 115-130.
  • Kerényi F, Wawer I, Sikorski PJ, Kufel J, Silhavy D. 2013. Phosphorylation of the N- and C-terminal UPF1 domains plays a critical role in plant nonsense-mediated mRNA decay. Plant J. 76(5): 836-848.
  • Nyikó T, Kerényi F, Szabadkai L, Benkovics AH, Major P, Sonkoly B, Mérai Z, Barta E, Niemiec E, Kufel J, Silhavy D. 2013. Plant nonsense-mediated mRNA decay is controlled by different autoregulatory circuits and can be induced by an EJC-like complex. Nucleic Acids Res. 10.
  • Golisz A, Sikorski PJ, Kruszka K, Kufel J. 2013. Arabidopsis thaliana LSM proteins function in mRNA splicing and degradation. Nucleic Acids Res. 24.
  • Szczepaniak SA, Zuberek J, Darzynkiewicz E, Kufel J, Jemielity J. 2012. Affinity resins containing enzymatically resistant mRNA cap analogs -a new tool for the analysis of cap-binding proteins. RNA. 18(7): 1421-132.
  • Alexander RA, Barrass JD, Dichtl B, Kos M, Obtulowicz T, Robert M-C, Koper M, Karkusiewicz I, Mariconti L, Tollervey D, Dicht B, Kufel J, Bertrand E, Beggs JD. 2010. RiboSys, a quantitative approach to study gene expression in Saccharomyces cerevisiae. RNA. 16: 2570-2578.
  • Zakrzewska-Placzek M, Souret FF, Sobczyk GJ, Green PJ, Kufel J. 2010. Arabidopsis thaliana XRN2 is required for primary cleavage in the pre-ribosomal RNA. Nucleic Acids Res. 38(13): 4487-4502.
  • Mroczek S, Kufel J. 2008. Apoptotic signals induce specific degradation of ribosomal RNA in yeast. Nucleic Acids Res. 36(9): 2874-2888.
  • Grzechnik P, Kufel J. 2008. Polyadenylation linked to transcription termination directs the processing of snoRNA precursors in yeast. Mol Cell. 32(2): 247-258.
  • El Hage A, Koper M, Kufel J, Tollervey D. 2008. Efficient termination of transcription by RNA polymerase I requires the 5' exonuclease Rat1 in yeast. Genes Dev. 22(8): 1069-1081.
  • Houalla, R., Devaux, F., Fatica, A., Kufel J, Barrass, D., Torchet C, Tollervey D. 2006. Microarray detection of novel nuclear RNA substrates for the exosome.Yeast 23: 439-454.
  • Kufel J, Bousquet-Antonelli, C, Beggs JD, Tollervey D. 2004. Nuclear pre-mRNA decapping and 5' degradation in yeast require the Lsm2-8p complex. Mol. Cell. Biol. 24: 9646-9657.
  • Kufel J, Allmang C, Verdone L, Beggs J, Tollervey D. 2003. A complex pathway for 3' processing of the yeast U3 snoRNA. Nucl. Acids Res. 31: 6788-6797.
  • Kufel J, Allmang C, Petfalski E, Beggs J, Tollervey D. 2003. Lsm Proteins are required for normal processing and stability of ribosomal RNAs. J. Biol. Chem. 278: 2147-2156.
  • Bousquet-Antonelli C, Milligan L, Thompson E, Kufel J, Tollervey D. 2002. Processing of 3'-extended read-through transcripts by the exosome can generate functional mRNAs. Mol. Cell 9: 1285-1296.