Grupa ewolucji mitochondrialnej ekspresji genów

Kierownik

Golik.jpg

prof. dr hab. Paweł Golik   

pgolik(at)igib.uw.edu.pl

 

 

 

 

 

Pracownicy

dr Karolina Łabędzka-Dmoch 

dr Adam Kolondra

dr Michał Małecki (urlop, post-doc, Wielka Brytania) 

 

Doktoranci: 

mgr Jakub Kruszewski

mgr Jakub Piątkowski 

mgr Bartosz Zapisek

 


Tematyka badań

Przedmiotem naszego zainteresowania jest badanie roli kodowanych jądrowo białek zaangażowanych w metabolizm RNA w mitochondriach, w tym białek z rodziny PPR, helikaz RNA i rybonukleaz u drożdży z gatunków Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe i Candida albicans, a także zrozumienie tego, jaką rolę odgrywała jądrowa kontrola metabolizmu RNA w ewolucji oddziaływań jądrowo-mitochondrialnych. We współpracy z grupą chorób mitochondrialnych zajmujemy się także wykorzystaniem drożdży do modelowania ludzkich chorób związanych z zaburzeniami jądrowej kontroli ekspresji genomu mitochondrialnego.

 


Granty badawcze 

  • TEAM/2010-6/6; Yeasts-an evolutionary laboratory for studying nucleo-mitochondrial interactions, Fundacja na rzecz Nauki Polskiej, Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego, Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka PO IG
    team_PG_header.jpg 

  • N N303 550639; Funkcje i ewolucja białek z rodziny PPR u drożdży, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego

Wybrane publikacje

  1. Lipinski KA, Puchta O, Surandranath V, Kudla M, Golik P.
    Revisiting the Yeast PPR Proteins  Application of an Iterative Hidden Markov Model Algorithm Reveals New Members of the Rapidly Evolving Family.
    Mol. Biol. Evol. 2011, 10:2935-48.
  2. Puchta O, Lubas M, Lipinski KA, Piatkowski J, Malecki M, Golik P. 
    DMR1 (CCM1/YGR150C) of Saccharomyces cerevisiae encodes an RNA-binding protein from the pentatricopeptide repeat family required for the maintenance of the mitochondrial 15S ribosomal RNA. 
    Genetics. 2010 Apr;184(4):959-73 
  3. Małecki M, Jędrzejczak R, Stępień PP, Golik P. 
    In vitro Reconstitution and Characterization of the Yeast Mitochondrial Degradosome Complex Unravels Tight Functional Interdependence. 
    J. Mol. Biol. 2007, 372:23-36.
  4. Szczepanek T, Gora M, Monteilhet C, Wysocka M, Lazowska J, Golik P. 
    In vivo analysis of the relationships between the splicing and homing activities of a group I intron-encoded I-ScaI/bi2-maturase of Saccharomyces capensis produced in the yeast cytoplasm. 
    FEMS Yeast Res. 2006 Aug;6(5):823-35. 
  5. Rogowska AT, Puchta O, Czarnecka AM, Kaniak A, Stepien PP, Golik P. 
    Balance between Transcription and RNA Degradation Is Vital for Saccharomyces cerevisiae Mitochondria: Reduced Transcription Rescues the Phenotype of Deficient RNA Degradation. 
    Mol Biol Cell. 2006 Mar;17(3):1184-93 
  6. Golik P, Zwolinska U, Stepien PP, Lazowska J. 
    The SUV3 gene from Saccharomyces douglasii is a functional equivalent of its Saccharomyces cerevisiae orthologue and is essential for respiratory growth. 
    FEMS Yeast Res. 2004 Jan;4(4-5):477-85.
  7. Golik P, Bonnefoy N, Szczepanek T, Saint-Georges Y, Lazowska J. 
    The Rieske FeS protein encoded and synthesized within mitochondria complements a deficiency in the nuclear gene. 
    Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Jul 22;100(15):8844-9. 

Współpraca 

  • Instytut Biochemii i Biofizyki PAN 
  • Centre de Génétique Moléculaire du CNRS, Gif-sur-Yvette, Francja
  • Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires (IBGC), Bordeaux, Francja

Przykładowe tematy prac magisterskich wykonanych i wykonywanych w ramach grupy:

  1. Agata Rogowska 
    Tytuł: "Identyfikacja i wstępna analiza genów supresorowych delecji genu SUV3 u drożdży Saccharomyces cerevisiae
    Obrona: 2005
  2. Alicja Trębińska 
    Tytuł: "Dysrupcja genu Suv3 w linii komórkowej DT40" 
    Obrona: 2005
  3. Olga Puchta 
    Tytuł "Wstępna analiza funkcji genu YGR150C u Saccharomyces cerevisiae
    Obrona: 2007
  4. Michał Lubas 
    Tytuł: "Rola białka Dmr1p w mitochondrialnym metabolizmie RNA u Saccharomyces cerevisiae.
    Obrona : 2009
  5. Kamil Lipiński 
    Tytuł: "Analiza bioinformatyczna rodziny białek PPR u drożdży i badanie funkcji jednego z jej przedstawicieli – Dmr1p Saccharomyces cerevisiae – metodami funkcjonalnej analizy genetycznej." 
    Obrona: 2009 
  6.  Jakub Piątkowski 
    Tytuł:"Badanie specyficzności oddziaływań białka Dmr1p Saccharomyces cerevisiae z RNA mitochondrialnymi" 
    Obrona: 2010

 


Przykładowe tematy prac licencjackich wykonanych i wykonywanych w ramach grupy:

  1. Anna Toruń 
    Tytuł: "Fosforylaza polinukleotydowa" 
    Obrona: 2005
  2. Olga Puchta 
    Tytuł: "Badanie transkrypcji mitochondrialnej w mutantach supresorowych delecji SUV3
    Obrona: 2005 
  3. Katarzyna Plak 
    Tytuł: "Mutacje w mitochondrialnym DNA w niektórych typach nowotworów oraz ich wpływ na strukturę i funkcję kodowanych mitochondrialnie polipeptydów" 
    Obrona: 2006 
  4. Michał Mlącki 
    Tytuł: "Białka PPR i ich rola w regulacji ekspresji genów w mitochondriach i chloroplastach" 
    Obrona: 2006
  5. Michał Lubas 
    Tytuł: "Badanie wpływu dysrupcji genu YGR150C u Saccharomyces cerevisiae na poziom transkryptów mitochondrialnych" 
    Obrona: 2007 
  6. Jacek Miłek 
    Tytuł: "Heterologiczna ekspresja i oczyszczanie białek fuzyjnych metodą chromatografii powinowactwa w badaniu drożdżowego degradosomu mitochondrialnego" 
    Obrona: 2007 
  7. Jakub Piątkowski 
    Tytuł: "Oczyszczanie i wstępna analiza produktu genu DMR1 u Saccharomyces cerevisiae." 
    Obrona: 2008
  8. Kamil Lipiński 
    Tytuł (roboczy): "Strategie badanie nieodwracalnych fenotypów u drożdży Saccharomyces cerevisiae na przykładzie genu kodującego mitochondrialne białko Dmr1p" 
    Obrona: 2008